無菌藥品的生產，對潔凈廠房設計要求很高，要保證藥品的正常生產的同時，外界環境不能對藥品產生負面影響，廠房的設計應滿足以下條件：

1.潔凈區廠房的設計，應當盡可能避免管理或監控人員不必要的進入。B 級潔凈區廠房的設計應當能夠使管理或監控人員從外部觀察到內部的操作。為減少塵埃積聚并便于清潔，潔凈區廠房貨架、柜子、設備等不得有難清潔的部位。門的設計應當便于清潔。

2.無菌生產的A/B 級潔凈廠房內禁止設置水池和地漏。在其它潔凈廠房內，水池或地漏應當有適當的設計、布局和維護，并安裝易于清潔且帶有空氣阻斷功能的裝置以防倒灌。同外部排水系統的連接方式應當能夠防止微生物的侵入。

3.潔凈區廠房應當按照氣鎖方式設計更衣室，使更衣的不同階段分開，盡可能避免工作服被微生物和微粒污染。更衣室應當有足夠的換氣次數。更衣室后段的靜態級別應當與其相應潔凈區的級別相同。必要時，可將進入和離開潔凈區的更衣間分開設置。一般情況下，洗手設施只能安裝在更衣的第一階段。氣鎖間兩側的門不得同時打開。可采用連鎖系統或光學或（和）聲學的報警系統防止兩側的門同時打開。在任何運行狀態下，潔凈區通過適當的送風應當能夠確保對周圍低級別區域的正壓，維持良好的氣流方向，保證有效的凈化能力。應當特別保護已清潔的與產品直接接觸的包裝材料和器具及產品直接暴露的操作區域。當使用或生產某些致病性、劇毒、放射性或活病毒、活細菌的物料與產品時，空氣凈化系統的送風和壓差應當適當調整，防止有害物質外溢。必要時，生產操作的設備及該區域的排風應當作去污染處理（如排風口安裝過濾器）。廠房設計時應證明所用氣流方式不會導致污染風險并有記錄（如煙霧試驗的錄像）。

4.潔凈區廠房應設送風機組故障的報警系統。在壓差十分重要的相鄰級別區之間安裝壓差表。壓差數據需定期記錄或者歸入有關文擋中。

5.無菌藥品的軋蓋會產生大量微粒，設置單獨的軋蓋區域并設置適當的抽風裝置很有必要。對于不單獨設置軋蓋區域的，應當能夠證明軋蓋操作對產品質量沒有不利影響。

潔凈（區）廠房竣工后，再投入使用之前，首先要經過國家授權的檢測機構的檢測，并且取得生物潔凈區檢測合格報告，然后徹底消毒以后，才能正常使用。